核酸检测的临床意义在于其多应用于早期筛查源于病毒的传染病。
对输血传染病，核酸检测能够缩短从血液受病毒感染到病毒能够被检出需要的“窗口期”，提高检测敏感度，降低经输血传播病毒性疾病的风险。
核酸检测用于呼吸道病毒病原学的检测，可检出甲型H1N1流感病毒、人禽流感H5N1病毒性肺炎、SARS、中东呼吸综合征及COVID-19等多种病毒。