顽固性口腔溃疡的病因，需要根据具体口腔溃疡的发作情况，来进行分析。所谓的顽固性口腔溃疡可以包括口腔溃疡反复发作，但是在口腔内换部位发作，就是复发性口腔溃疡。病因不清，有多种因素可以导致。具体如下：
1、机体免疫力低下：由于微量元素缺乏、偏食，以及睡眠不好，都可以导致复发性口腔溃疡的发生。
2、局部创伤：考虑顽固性口腔溃疡的发生由于局部创伤因素所导致，常见的有口腔内有残根、残冠，尖锐的边缘容易刺激局部的黏膜，反复发生口腔溃疡，去除创伤因素，这种口腔溃疡才能逐渐地好转和愈合。
3、癌性溃疡：顽固性口腔溃疡，常见的就是在口腔内一个特大型的口腔溃疡，面积比较大，并且病程特别长，局部没有创伤性因素，病程超过1-2个月，需要警惕是否有癌性溃疡的发生，应及时到口腔科门诊进行排查。