附睾炎主要是由细菌、支原体、衣原体等致病微生物所造成，因此附睾炎的治疗主要是以抗生素为主。通常覆盖菌种比较全面的抗生素主要是广谱抗菌素，例如喹诺酮类、左氧氟沙星、莫西沙星、环丙沙星等等，头孢菌素类，例如头孢克洛、头孢地尼、头孢克肟等等，还有大环内酯类，例如阿奇霉素、米诺环素等。附睾炎虽然起病急，但是消退起来十分缓慢。因此要注意药物疗程要足够，通常1-2周基本疼痛可以消失、明显消肿，但是要做到完全使肿物结节消散有时需要4-6周，甚至更长的时间。