先天性短结肠患儿饮食应该注意营养的补充，毕竟大部分患者为婴幼儿，身体正是需要营养的时候，主要以维生素、高蛋白饮食为主，含盐高、含脂肪高的食物少摄入。
（1）注意饮食中的平衡应增加蛋白质、维生素C等营养素的摄入，多食富含维生素的蔬菜和水果。
（2）补充钙质，补充足够的优质蛋白，可多饮牛奶，多吃豆制品、鸡蛋、瘦肉、鱼类等富含蛋白质的食物。
（3）不宜食用含脂肪较多的油腻食物。
（4）低糖饮食，适当控制饭量，少吃含糖量高的食物。