单纯性肾囊肿发展缓慢，对肾功能常无明显影响，治疗趋于保守。对于囊肿直径<4cm，可定期随诊，观察其大小、形态及内部质地的变化，一般选用超声检查。当囊肿直径>4cm的可予超声引导下穿刺引流囊液，也可用95%的乙醇或者四环素等进行处理，B超引导下的经皮穿刺抽吸囊液，治疗有短暂的疗效，复发率可以高达30%-78%，但对于高龄患者可以作为治疗选择。巨大的肾囊肿是指直径超过8cm，囊液超过500mL，可能需要手术治疗，一般手术方式选用腹腔镜下囊肿切除。如果病理证实囊壁存在癌变，或者同时半完善则应当进行手术的切除。单纯性肾囊肿的治疗需要综合考虑囊肿对肾脏及全身的影响，并视囊肿的发展、变化而定，大多数囊肿预后较好。