小肠疾病的临床表现，可以有不同的表现。比如说不明原因的消化道出血，也就是说有黑便便血。做了胃肠镜都是阴性的，70%以上的出血都来自于小肠，表明小肠出问题了。小肠这时候问题往往可以是肿瘤，也可能是血管畸形，也可能是炎症性肠病，比如克罗恩病，或者是Meckel憩室所导致的消化道出血。
除了消化道出血以外，小肠疾病还可以出现腹痛，并且是不能缓解的。有可能是小肠的狭窄，引起明显的脐周疼痛。对于年轻人而言，反复的腹痛，伴有消瘦，甚至大便的不成形，一定也要考虑是不是小肠疾病，比如说克罗恩病等。对于其他的小肠相对而言，肿瘤是比较少见的，小肠的肿瘤可以见到间质瘤、腺癌、淋巴瘤，主要根据肿瘤的大小有无破溃，表现为肠梗阻，或者是出血的不同表现。