由于肝脓肿的致病菌，主要是以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌以及厌氧菌最为常见，因此在未确定病原菌以前，可以首选对此类细菌有作用的抗生素。比如说氨基糖甙类，头孢菌素类以及硝咪唑类，一般建议联合应用，然后根据细菌培养的情况和抗生素敏感试验的结果，选择合理的抗菌药物应用。比如说可以选用头孢哌酮舒巴坦联合奥硝唑。如果临床症状较重，感染明显，也可以考虑应用青霉烯类，比如说亚胺培南西司他丁、美罗培南等。不过对于阿米巴肝脓肿，还应当选择特殊的药物，比如说氯喹、依米丁和甲硝唑。