反流性食管炎的症状，包括食管症状和食管外症状。食管症状典型的是反流、烧心，反流是指胃跟十二指肠内容物，在无恶心和不用力情况下，涌入咽部和口腔的感觉，含酸味时称为反酸，烧心是指胸骨后或剑突下烧灼感。
非典型的食管症状，可以出现食管后的疼痛，往往是反流物刺激食管而引起。还可以放射到心前区、后背、肩部，需要跟心绞痛进行鉴别。食管外的症状是由于反流物刺激或损伤食管以外的器官，比如咽喉等所引起来的，包括慢性咽炎、慢性咳嗽、哮喘。反流性食管炎严重的会出现并发症的症状，比如出现呕血、黑便，反流性食管炎反复发作引起的纤维组织的增生，从而导致食管狭窄，导致吞咽困难，有极少数的患者，约0.06%左右的患者，有可能会出现巴瑞特食管，甚至食管癌的表现。