宫颈囊肿本身不会对人体造成伤害，多数患者实在体检或治疗其他妇科疾病时发现，一般不需要治疗，但是要做定期宫颈癌筛查，对于先天性宫颈囊肿，可行单纯囊肿切除术或宫颈切除术治疗，对于后天性宫颈囊肿，主要是针对原发病治疗。另外，部分患者需要进行心理护理，以免过于紧张，影响恢复。
一、一般治疗
1、去除诱因：建议使用棉质内裤，患者的毛巾、内裤等贴身衣物要隔离洗涤，用开水烫，注意性生活、经期卫生。
2、针对原发病的治疗：宫颈囊肿患者大多数伴有宫颈炎、盆腔炎等疾病，积极治疗原发病，定期进行妇科体检。
二、药物治疗
合并炎症者可用洁尔阴洗液、消糜栓等对症治疗。
三、手术治疗
1、常规宫颈囊肿切除术：患者取膀胱截石位，常规消毒后使用一次性注射器针头刺破囊肿，再用消毒长棉签排除囊肿内容物、拭干血液。手术过程中患者一般感觉不到疼痛，术后可能会出现不同程度出血或有黄水样液体分泌，属于典型术后症状，不需过度焦虑。术后注意卫生，及时上药，避免感染，两周左右可以痊愈。
2、宫颈电凝术：在超声引导下于宫颈中段探入探针，对宫颈囊肿囊壁使用电凝球进行电凝治疗，并刮取周边囊壁，刮除黏性分泌物，不但可以将囊肿病灶彻底清除，而且并不会破坏正常宫颈组织，不会影响生育能力，术后患者接受7天缩宫、抗感染治疗。
四、心理治疗
部分女性患者担心宫颈囊肿会癌变，但是只要正确处理宫颈囊肿，一般不会发生癌变，不需太过紧张，保持积极的心态，避免负面情绪对疾病的不良影响。