甲状舌管囊肿与瘘是由于胚胎期甲状腺发生过程中的甲状舌管闭合不全而导致的，而后天的环境因素也促进了它的发生，所以是先天性因素及环境因素共同参与的。
一、主要病因
1、先天性因素：胚胎期甲状腺发生过程中的甲状舌管闭合不全，或有上皮残留，甲状舌管未退化或未完全退化而形成。上皮分泌物聚积形成先天性甲状舌管囊肿。若在甲状腺发育的下移过程发生障碍，则可异位于此下降路线上的任何一点。
2、免疫力下降：免疫力下降容易受到周围环境的影响从而导致囊肿继发感染。
3、感染：囊肿因感染破溃或者在手术切开后可以形成瘘。
4、损伤：由于手术或外伤，损伤到甲状腺舌管，可导致甲状腺舌管囊肿与瘘的产生。
二、诱发因素
1、饮食习惯不良：经常吃油炸烧烤及生冷的食物进而造成，热性食物易导致甲状腺舌管出现感染，出现红肿、疼痛、牙痛等症状。
2、不良的生活习惯：经常抽烟、喝酒以及熬夜加班等都有关，容易导致免疫力低下，抽烟等不良生活习惯受到周围环境影响导致囊肿继发感染。