小儿亚急性感染性心内膜炎常见的并发症是血栓栓塞，血栓随血液循环可以流淌到身体各个器官，栓塞堵塞血管，影响器官的正常血液供给，导致受累器官功能障碍，引发临床症状。常见的栓塞有脑栓塞、肺栓塞以及肾脏栓塞等。亚急性感染性心内膜炎是指病程在6周以上的感染性心内膜炎，一般在心脏原发病变的基础上感染了毒力较弱的病原菌引起的。