肥厚型心肌病可以根据患者是否合并流出道梗阻，以及恶性心律失常、心力衰竭来选择用药，如下：
一、对于肥厚非梗阻性心肌病，可以选择β受体阻滞剂，如倍他乐克，非二氢吡啶类钙拮抗剂，如合心爽，还有ACEI或ARB类药物，如贝那普利、氯沙坦钾等等药物来治疗。如果合并心力衰竭，也可以应用强心类药物来治疗。
二、对于肥厚梗阻性心肌病的患者，则在上述用药的之中，不可以应用ACEI类、ARB类、强心类的药物，因为这样有可能会加重流出道的梗阻。