肾囊肿引起大出血，经保守的输血、止血药物治疗后作用不大的，经CT或者血管造影后可以选择行肾动脉栓塞术或者肾脏切除术。
对于肾囊肿引起严重的高血压，而药物不能控制时，可考虑行肾囊肿去顶减压术、肾动脉栓塞术或肾脏切除术。
对于囊肿引起疼痛的，而常规止痛剂不能缓解，影响患者生活的，可考虑囊肿穿刺硬化治疗、囊肿去顶减压术或肾脏切除术。
对于单纯的肾囊肿，患者没有症状也没有并发症，几乎不影响肾功能，恶变机会也很小，这部分患者是不需要行手术治疗的。