肛周脓肿最常见的原因是感染或者慢性疾病导致机体的抵抗力下降所引起，肛周脓肿的感染大多来自肛隐窝的感染，腹泻或便秘容易引起肛隐窝的损伤。肠中的细菌会引起肛隐窝炎，继而发展成为肛周脓肿。如果患者机体免疫差、抵抗力比较低，也容易引起肛隐窝的炎症，导致肛周脓肿形成。发病初期肛周脓肿尚未形成可以用抗生素或者理疗，晚期脓肿已经形成需要手术的治疗。
肛周脓肿还可能由痔疮或者慢性胃肠道疾病引起，肛门每天都会排便，肛门内部不容易完全清理干净，属于比较容易感染的部位。治疗肛周脓肿的同时要积极治疗原发疾病。肛周脓肿还可能与患者平时不良生活习惯有关系，比如喜欢吃辛辣、刺激食物，包括辣椒、芥末、酒类等等，患者长期久坐、穿紧身内衣、不注意肛门部位的卫生等等都容易引起肛周脓肿。