1、肛门指诊：医生用手指在患者肛门内进行触摸，在肛肠疾病诊治过程中具有十分重要的作用，多种肛门和直肠疾病可依此确诊。同时也是最经济、最实用的检查方法，具有较强的直观性和可靠性，可为进一步的治疗提供依据。肛门指诊能对肛门皮肤做痛觉、触觉、温度觉的测试。肛内触诊，可辅助检查肛瘘的行径、瘘管与肛门直肠环的关系、肛管腔有否狭窄及肛门括约肌的紧张程度，还可以了解毗邻脏器的情况。
2、结肠镜：结肠镜可直接观察结、直肠黏膜是否存在病变，对于体重下降、直肠出血或贫血的便秘病人应做结肠镜检查。
3、结肠X线钡剂造影检查：对了解胃肠运动功能有参考价值，正常情况下钡剂在12~18小时内可达结肠脾区，24~72小时内应全部从结肠排出，便秘时可有排空延迟。钡剂灌肠造影检查能发现结肠扩张、乙状结肠冗长和肠腔狭窄等病变，有助于便秘的病因诊断。
4、结肠传输试验：利用不透X线的标志物，口服后定时拍摄腹平片，追踪观察标志物在结肠内运行的时间、部位。判断结肠内容物运行的速度及受阻部位的一种诊断方法，有助于评估便秘是慢传输型还是出口梗阻型。
5、排粪造影：在模拟排便过程中，通过钡剂灌肠，了解肛门、直肠、盆底在排便时动静态变化，用于出口梗阻型便秘的诊断，如直肠前突、盆底失弛缓症等。
6、肛管直肠压力测定：利用压力测定装置置人直肠内，令肛门收缩和放松，检查肛门内外括约肌、盆底、直肠功能及协调情况，对分辨出口梗阻型便秘的类型提供帮助。
7、肛门肌电图检查：利用电生理技术检查盆底肌中耻骨直肠肌、外括约肌的功能，能帮助明确便秘是否为肌源性。可用于盆底痉挛综合征、耻骨直肠肌综合征、直肠脱垂和会阴下降综合征等的诊断和治疗，是盆底异常的一种常规检查技术。