继发性痛经的治疗目的在于改善原发病，治疗方案的选择应结合患者年龄、生育要求、原发疾病、疼痛程度及依从性来决定，经验性治疗的选择应结合患者的个体情况，治疗过程中监测患者疼痛症状及辅助检查结果的变化，适时更改治疗方案，必要时仍需行腹腔镜手术探查。
一、病因治疗
1、子宫内膜异位症：未合并不孕及无附件包块者首选药物治疗，一线药物包括非甾体类抗炎药、口服避孕药及高效孕激素，二线药物包括促性腺激素释放激素、左炔诺孕酮宫内缓释系统。一线药物治疗无效改二线药物，若依然无效，应考虑手术治疗，所有的药物治疗都存在停药后疼痛的高复发率，合并不孕或附件包块者首选手术治疗。另外，部分经影像学或妇科检查诊断为内异症的患者，由于不愿意手术或存在手术禁忌症暂不能手术，也可以在未经腹腔镜确诊的情况下进行痛经的经验性治疗，以达到缓解疼痛的目的。
2、子宫腺肌症：应视患者症状、年龄和生育要求而定，目前无根治性的有效药物，对于症状较轻、有生育要求的患者可试用孕三烯酮、促性腺激素释放素或左炔诺孕酮宫内缓释系统治疗，均可缓解症状，但需要注意药物的副作用，并且停药后症状可复现。在促性腺激素释放激素治疗时应注意患者骨丢失的风险，可以给予反向雌激素添加治疗和钙剂补充。年轻或希望生育的子宫腺肌瘤患者可试行病灶切除术，但术后有复发风险。对症状严重、无生育要求或药物治疗无效者，应行全子宫切除术，是否保留卵巢取决于卵巢有无病变和患者年龄。
3、盆腔炎：主要为抗生素药物治疗，必要时手术治疗，抗生素治疗可清除病原体、改善症状及体征、减少后遗症，经恰当的抗生素积极治疗绝大多数盆腔炎性疾病能好转。抗生素的治疗原则是经验性、广谱、足量、及时和个体化，初始治疗往往根据病史、临床表现以及当地的流行病学推断病原体，给予经验性抗生素治疗。由于盆腔炎性疾病的病原体多为淋病奈瑟菌、衣原体以及需氧菌、厌氧菌的混合感染，需氧菌及厌氧菌又有革兰阴性及革兰阳性之分，故抗生素的选择应涵盖以上病原体，选择广谱抗生素联合用药。
4、生殖道异常(畸形)：一般手术切除。
5、盆腔静脉淤血综合征：非甾体类抗炎药物是有效的一线治疗方案，可以短期缓解疼痛症状，但无法长期有效治疗盆腔静脉淤血综合征的各种症状。由于血管介入治疗对卵巢静脉及其交通支均进行了栓塞，避免了血液反流至分支血管，可以有效治疗盆腔静脉淤血综合征，减少症状的复发，但可能会影响卵巢功能。
6、子宫内放置节育环：此类痛经患者可去医院调整节育器的位置或取出节育环。
二、药物治疗
1、前列腺素合成酶抑制剂：抑制前列腺素合成酶的活性，减少前列腺素的生成，缓解前列腺素引起的子宫平滑肌收缩和痉挛，常用药物有布洛芬、甲氯芬那酸、吲哚美辛等。
2、口服避孕药或单纯孕激素药物：使血中前列腺素、催产素和血管加压素水平含量减低，因而达到抑制痛经作用。
3、雄激素衍生物：常用药物有孕三烯酮、达那唑。
三、手术治疗
1、盆腔炎所致继发性痛经：由于长期的炎症刺激，会导致器官周围粘连，抗炎药物已经不容易进入，致使病情反复发作，可通过手术治疗。
2、子宫畸形所致继发性痛经：针对这些情况导致的痛经，一般需要进行手术纠正畸形。
3、子宫腺肌病所致继发性痛经：年轻或有生育要求的子宫腺肌瘤患者可行子宫腺肌瘤挖除术，但术后有复发风险，症状严重、无生育要求或药物治疗无效者可行全子宫切除术，卵巢是否保留取决于患者年龄及卵巢有无病变。
4、子宫内膜异位症所致继发性痛经：有生育要求的轻度患者可以先行药物治疗，严重者选择保留生育功能的手术，年轻、无生育要求的重度患者可行保留卵巢功能的手术，症状及病变均严重的无生育要求者可以考虑行根治性手术。
四、中医治疗
艾灸治疗：艾灸治疗宫寒有几个有效的穴位，比如关元穴，在肚脐下3寸，艾灸关元穴可增强人体阳气、补虚益损，对阳气不足、身体虚弱、怕冷等症状比较有效，具有培元固本、补益下焦的作用。艾灸每天做半个小时即可，时间太长容易感到舌燥，甚至引起便秘。