结肠多发息肉最主要的治疗方式是肠镜下切除，需要患者口服泻药，将肠道内的粪便完全排尽，在肠镜下将这些息肉尽量全部切除，有时息肉过多，需要分多次才能够切除干净。但是对于特殊类型的患者，例如家族性结肠多发息肉病，不能单纯在肠镜下进行切除，需要进行大部分结肠甚至全结肠切除。因为这类患者息肉很容易出现恶变，而成为结肠癌。
在结肠息肉切除后，患者应注意饮食，例如尽量不要饮用含有酒精的饮品，不要吃过于油腻的食物，也不要吃腌制食品等，这些都容易刺激息肉再次生长。还需要定期去医院进行复查，以查看肠道息肉生长的情况。