1、胃肠炎型：婴幼儿以及儿童胃肠炎型最为突出，成人则以肠炎为主。胃肠炎型又分为急性期、并发症期、再发期。
（1）急性期：主要疾病有胃肠炎、末端回肠炎等，一般症状较轻，病情呈现自限性。起病较急，症状以发热、腹泻、腹痛为主。
（2）并发症期：主要表现为结节性红斑、关节炎、紫斑、荨麻疹、关节神经痛。关节炎是该菌感染常见的肠外表现，以成人为主，女性病人居多。关节局部症状主要表现为疼痛、肿胀和关节囊液渗出。
（3）再发期：在血清阳性的胶质病中有的病例血中小肠结肠炎耶尔森菌抗体滴度较高，这一观察结果支持存在再发期。
2、败血症型：具有多型性、多样化的特点，除有腹泻、呕吐之外，大致可归为四种类型：
（1）沙门菌感染综合征：有头痛、全身不适、发热、寒战、肝脾肿大，容易被临床考虑为沙门菌感染，大多数耶尔森菌败血症均属于此型。
（2）阿米巴肝炎综合征：成人多见，有发热、右上腹部疼痛、肝脾肿大，肝区明显触痛。最初临床多怀疑为阿米巴肝脓肿，继而个别病例发生肝损部脓肿，尸体解剖时可见肝脾组织内有很多散在的小脓肿和大量的含铁血黄素沉积。
（3）髂凹综合征：青少年多见，表现为急性阑尾炎、急性肠系膜淋巴炎、急性末端回肠炎的症状和体征，有部分病例可触及直肠包块，本病最突出的特点是急性腹痛，因此被临床误诊为急性阑尾炎。
（4）其他类型：发生率较低，报道例有脑膜炎、肺炎、蜂窝组织炎、结节性红斑等。