唇腭裂的发生与多方面因素有关，目前对唇腭裂的病因和发病机制还不完全明确。普遍认为唇腭裂的发生与遗传因素有关，一个家族中有过唇腭裂患者，其直系或旁系亲属中发生唇腭裂的概率大大增加。当然唇腭裂的遗传是多基因遗传，是一种高危因素的遗传，并不是单基因直接遗传。其次唇腭裂发生有明确的环境因素影响，比如孕妇在怀孕前三个月出现营养缺乏，尤其是维生素缺乏，容易造成胎儿腭裂。怀孕早期用药不当，病毒感染，也是唇腭裂发生的重要危险因素。