阿莫西林没有在泌尿系统感染的推荐药物中，但是阿莫西林属于青霉素类抗生素，其作用也可以针对泌尿系统感染，主要是针对大肠埃希菌、变形杆菌和粪肠球菌引起来的泌尿系统感染。
尿路感染最多见的是单纯性尿道感染，单纯性尿路感染可分为急性单纯性膀胱炎和急性单纯性肾盂肾炎。对于急性单纯性膀胱炎，目前推荐抗菌药物是磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类、第二代和第三代的头孢类抗生素。
绝大多数急性单纯性膀胱炎患者经过单剂疗法或者三日疗法治疗后，尿菌可转阴。对于急性单纯性肾盂肾炎的抗菌素选择，可以考虑第三代喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星。半合成广谱青霉素，如哌拉西林，第三代头孢菌素，如头孢他啶。