小肠脂肪瘤的组织学发生原因目前不明确，已知的相关因素包括先天小肠结构不良、炎症刺激、发育不良等，但有待考证，好发于老年患者、男性患者。
一、主要病因
1、局部脂肪的淋巴供应和血液循环发育不良可造成局部脂肪组织堆积，从而引起脂肪瘤的发生。
2、肠道炎症刺激可能会促进脂肪瘤的发生。
3、小肠脂肪瘤可能是在胎儿发育过程中，中肠旋转时腹膜外脂肪黏附于肠壁发育而成。
4、脂肪瘤的发生可能与小肠结缔组织变性、纤维小梁的管周脂肪浸润有关。
二、诱发因素
1、高脂肪、高蛋白饮食：肉类摄入与肿瘤发生有关，饱和脂肪的摄入可能引起导致遗传物质改变进而促进肿瘤的产生。
2、吸烟、饮酒：肠上皮细胞受到刺激性物质的影响，可以诱发肿瘤的发生。
3、肥胖：肥胖等因素可能会影响肿瘤的发生。