感染性心内膜炎的主要治疗原则是明确病原菌，病原菌尚未明确时，根据经验治疗，明确病原菌后应用相应的抗生素类药物进行治疗。对于存在顽固性进行性心力衰竭、瓣膜口为赘生物阻塞引起休克者、反复发生栓塞等患者，应及时考虑手术治疗。
一、一般治疗
充分休息，避免劳累、剧烈运动，积极控制血压。
二、急症治疗
急性感染性心内膜炎建议抽取血培养后（入院3小时内3次）立即开始抗感染治疗，若患者主动脉瓣或二尖瓣伴有急性重度反流、阻塞或瓣周瘘导致难治性肺水肿、心源性休克，需紧急手术治疗。
三、药物治疗
1、经验性用药：对急性感染性心内膜炎患者，采用萘夫西林、氨苄西林和庆大霉素治疗。亚急性感染性心内膜炎患者，以青霉素为主或加庆大霉素静脉滴注。
2、已知致病微生物时的药物治疗：
（1）青霉素敏感的细菌治疗：草绿色链球菌、牛链球菌、肺炎球菌等，选择大剂量青霉素分次静脉滴注或者青霉素加庆大霉素静脉滴注，对于青霉素过敏者可选择头孢曲松钠或万古霉素。
（2）青霉素耐药的链球菌治疗：使用青霉素加庆大霉素或者应用万古霉素治疗。
（3）肠球菌心内膜炎治疗：采用大剂量青霉素加庆大霉素静脉滴注、氨苄西林加庆大霉素等，效果不佳者可改用万古霉素。
（4）金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌：使用奈夫西林或苯唑西林治疗，青霉素过敏或无效者可选择头孢唑林，当青霉素及头孢菌素均无效时，可用万古霉素。
（5）耐药的黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌：应用万古霉素。
（6）其他细菌：青霉素、头孢菌素或万古霉素进行治疗。革兰阴性杆菌感染，可用氨苄西林、哌拉西林等。
（7）真菌感染：用两性霉素B治疗。
3、其他类型感染性心内膜炎的用药方案：
（1）人工瓣膜感染性心内膜炎：一般需应用庆大霉素和利福平进行治疗，还可根据血培养及药敏试验结果，选择联合使用万古霉素、氟氯西林或达托霉素等药物。
（2）静脉药瘾者感染性心内膜炎：抗生素的选择取决于感染的微生物种类、成瘾者使用的药物和溶剂类型以及心内感染的部位。临床常用药物如苯唑西林、氯唑西林等。
四、手术治疗
1、手术方法：包括感染病灶切除，瓣膜修补，取出栓子，人工瓣膜替换术，完全房室传导阻滞者安置心脏起搏器等。术式包括主动脉瓣换术、二尖瓣修补术、二尖瓣置换术等。
2、适应症：对顽固性进行性心力衰竭，内科治疗无效者；瓣膜口为赘生物阻塞引起休克者；反复发生栓塞者(尤其累及主要脏器，如脑、心、眼、肾等)；感染在心内膜扩散导致瓣膜破裂、主动脉窦瘤形成、心肌脓肿等；超声心动图检查赘生物进行性增大者，可选择手术治疗。