小儿多囊肾是一种先天遗传性肾脏疾病，是由于基因突变导致发病。主要病因有常染色体显性遗传性多囊肾、常染色体隐性遗传性多囊肾。
一、主要病因
1、常染色体显性遗传性多囊肾：
（1）常染色体显性遗传性多囊肾，通常与PKD1基因和PKD2基因突变有关，这两个基因负责编码肾小管上皮细胞和初级纤毛上的相互作用的蛋白，多囊蛋白-1和多囊蛋白-2。生理状态下，多囊蛋白-1和多囊蛋白-2相互作用，形成多囊蛋白复合体并共同表达在肾小管细胞纤毛上，发挥正常功能，参与调节细胞周期、分裂及凋亡等生物学过程。目前认为胚胎期从亲代遗传的PKD1和PKD2基因杂合子突变(生殖突变)不足以发病，在感染、中毒等后天环境因素的“二次打击”下，杂合子正常等位基因也发生突变(体细胞突变)时才引起囊肿发生。
（2）约40%患者无明确家族遗传史，提示基因突变可能与环境等因素有关。基因突变后导致多囊蛋白复合体功能障碍将改变肾小管上皮细胞纤毛介导的信号传导，促进囊肿形成。PKD1基因突变导致的常染色体显性遗传性多囊肾占85％~90%，而其余为PKD2基因突变所致，PKD2基因所致多囊肾病较PKD1基因起病晚，终末期肾衰竭发生迟，但两者病理改变相似。目前认为囊肿形成是由于上皮细胞异常增生形成囊壁；囊腔内囊液的蓄积来自肾小球滤过和/或移行上皮细胞分泌；囊壁细胞外基质成分的异常合成和代谢。
2、常染色体隐性遗传性多囊肾：常染色体隐性遗传性多囊肾是常染色体隐性遗传疾病，患者的父母不患病，而他们的子女有1/4机会遗传父母携带的缺陷基因而致病。致病基因位于6号染色体上，对16个常染色体隐性遗传性多囊肾家系的研究，未发现存在基因异质性；不同年龄的常染色体隐性遗传性多囊肾兄弟姐妹的临床表现提示只有一种致病基因。父母本身不患病，但均携带致病基因，基因遗传率为50%，子代发病机率为25%。目前认为，常染色体隐性遗传性多囊肾由单基因PKHD1(基因定位于6P21-23) 突变引起。
二、诱发因素
小儿多囊肾主要是在胚胎发育时期基因突变基础上，在后天环境因素影响下发病。