隐匿性阴茎并没有最佳手术时间一说，如果病情需要，随时可以手术，没有年龄限制。
对于大多数隐匿性阴茎的患儿，只要包皮能够上翻显露阴茎头，可不必手术，大部分患儿随着年龄增长，其症状能够逐渐好转。如果患儿有排尿困难、反复包皮感染，以及包皮口狭小难以外翻显露阴茎头，才需要考虑手术治疗，手术的目的主要是扩大包皮口、显露阴茎头。需要注意的是隐匿性阴茎患儿最好不要做包皮环切术，以免阴茎皮肤减少。