慢性肠胃炎有症状者主要表现为非特异性的消化不良，比如上腹痛、腹胀、餐后饱胀以及早饱感，进食可加重或者减轻，还可有食欲减退、嗳气、反酸、恶心等症状，部分患者还可出现消瘦、乏力、健忘、焦虑、抑郁等精神症状。
不同的病因，患者表现不同，有一些以腹痛为主，不同的疾病疼痛部位不同，部分患者进餐后疼痛加重，排便或排气后缓解。还有患者表现为里急后重，还有人表现为腹泻，可每日2-4次，重者十余次，粪便不成形，甚至部分人群可见到脓血及黏液便。便秘有些是表现为排便次数减少，每周排便少于三次，并且排便费力，粪质硬结，量少。