慢性结肠炎通常指的是慢性非特异性的结肠炎，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。对于溃疡性结肠炎的治疗，根据疾病的急性期或缓解期治疗用药是不同的。急性期的治疗又根据疾病的轻、中、重而用药不同。轻症的患者常用5-氨基水杨酸类药物，比如美沙拉嗪、柳氮磺吡啶。对于中到重度的溃疡性结肠炎，单纯的氨基水杨酸类药物不能起到很好的诱导作用，可能需要糖皮质激素。如果糖皮质激素也不能很好的控制症状，有可能需要生物制剂或者免疫抑制剂。
对于缓解期溃疡性结肠炎，仍然需要长期的服用药物，可以用美沙拉嗪作为维持用药。对于特殊的人群，有可能也需要生物制剂或者硫唑嘌呤来维持。克罗恩病的治疗比溃疡性结肠炎可能更加复杂，根据疾病的活动与缓解的不同、疾病的部位的不同，用药也是不同的，往往选用的都是免疫抑制剂或者生物制剂来进行系统的治疗。一旦诊断了以上的疾病，应该及时、规律的到医院就诊，在医生的指导下系统的用药。