性别认同障碍的具体病因未明，通过临床观察，遗传因素、激素因素综合起来所导致的无法认同自己的生理性别的一种疾病，好发于有性格缺陷的人群等，父母对孩子的性别认同出现问题未及时制止时易诱发本病。
1、遗传因素：国外的临床病学调查得出基因对性别认同障碍的贡献比例约为62%。
2、激素因素：激素水平的改变可以导致性别认同障碍，可以是自然发生的，也可能是后天药物影响的。
3、大脑皮质受到破坏：导致生理和心理性别不协调，出现性别认同障碍。
4、外阴部过度伤害：导致心理性别的改变，从而导致性别认同障碍。
5、第二性征发育不良：个体不满意自己的身体意象则易出现失调现象。例如女生乳房不发达，皮肤不够白腻，体毛过浓等。
6、父母对待孩子的性别态度：孩子出生后，一般家庭会按照孩子的生理性别进行相应的教育。但如果父母或家庭有重男轻女的态度或者对某种性别的强烈期待，甚至要求孩子去做异性角色的家务和扮演其相异的性别角色，则容易导致孩子关于性意识的心理发生改变。
7、社会环境因素：性别认同障碍者在儿童期大多和异性孩子为伴，在过程中无意习得了异性的行为方式，再加上家人或周围人对孩子行为举止的不当强化，也会促进性别认同障碍的产生。