治疗腰椎骶管囊肿没有特效药物，用药治疗主要是改善病症，对于囊肿比较小的患者可以使用腺苷钴胺或甲钴胺，伴随有腰、腿疼的患者可以使用非甾体类解热镇痛抗炎药，如扑热息痛、布洛芬、阿司匹林等。临床上大多数骶管囊肿患者没有症状，对于这种情况以观察为主，可以先不用治疗。
出现下面几种情况的时候需要考虑进行手术治疗，性功能障碍、会阴部持续性疼痛、大小便功能受限、腰或腿疼伴随感觉减退。骶管囊肿还会造成周围骨质破坏、运动功能障碍、感觉异常等并发症，除了要对疾病本身进行治疗，出现并发症的时候还要积极的治疗并发症。