胚胎停止发育，一半以上是由于胚胎本身的异常情况所导致。也有一半的是由于母体的因素、父亲的因素和环境的因素，对胚胎造成了不良的影响而导致。一般的胚胎本身多数是由于染色体的异常，或者拷贝数的变异，比如微缺失、微重复，这样导致胚胎的生长发育明显的异常。如果染色体异常，有结构的异常和数目的异常，比如三倍体、13三体、16三体、18三体、21三体和22三体，以及X单体。由于平衡易位导致缺失和重叠以及嵌合体，也容易引起胚胎的停滞发育。