一般情况下进镜时间为3分钟左右，退镜观察往往需要较长的时间，一般建议不少于6分钟。但是如果发现具体的病变，需要仔细观察或者需要活检，则肠镜检查时间有相应的延长。
肠镜检查是协助诊断结直肠疾病的重要手段，通过肠镜检查可以直观并清晰的观察到患者的结直肠以及部分回肠末段黏膜，可协助诊断炎症性肠病、缺血性肠病以及结直肠肿瘤等疾病。肠镜检查过程中发现具体病变时还可通过活检钳钳取病变组织送病理学检查，以协助病变性质以及严重程度的判定。由于肠腔走行迂曲，同时肠道具有结肠带以及皱襞的结构，因此在进镜过程中需要使用钩拉法取直肠腔，同时需要注入一定量的气体，因此进镜时间视患者的肠道走形可能有所不同。
完成结肠镜检查的患者应该先禁食2-4小时，如果没有什么不适症状，可以吃一些清淡、易消化的食物，主要是低脂肪和低纤维的食物。如果结肠镜检查后出现严重腹痛或便血，患者应及时通知医生。