肛窦炎需要进行手术，大多是经过用药等保守治疗效果并不明显，常用的手术方式有两种：一、肛窦炎切开术，适用于形成小脓肿伴有隐性瘘管者。患者取俯卧位或者截石位，找到肛窦的病灶，使用探针进入肛窦病灶并将肛窦完整切开，沿着肛窦纵行切开直至肛缘皮肤，使局部保持引流通畅。二、肛窦炎切开挂线术，适用于反复发作的慢性肛窦炎，先切开肛窦相应的肛缘外皮肤，探入探针至肛窦处穿出，将表面的组织完全切开，深部组织进行橡皮筋挂线。