窦性心律失常的患儿多无自觉症状，年长的窦性心动过速患儿可有胸闷、心前区不适等症状，多于哭闹、情绪激动、体力活动后出现，呈一过性。小儿窦性心动过缓有症状者常表现为嗜睡、拒乳、头晕、胸闷、乏力等。
1、胸闷、心前区不适：患儿因窦性心律失常、心率过快或过慢都会影响心脏正常射血，导致心肌缺血，出现类似心绞痛的胸闷、心前区不适、气短等症状，多于哭闹、情绪激动、体力活动后出现，呈一过性。
2、嗜睡、拒乳、头晕、胸闷、乏力：多见于窦性心动过缓，患儿心率减慢，心脏射血减少，各个脏器灌注减少，尤其是心、脑等重要脏器受到影响，会出现心脑等供血不足症状，如嗜睡、头晕、乏力、拒奶等。
3、面色青紫、皮肤湿冷、呼吸急促：对于合并有严重基础心脏疾病患儿，其窦性心律失常症状较重，或合并有其他类型的严重心律失常，会出现心脏射血严重减少、血容量不足、血压下降、各个脏器灌注明显不足，从而出现休克、缺血缺氧等症状，表现为面色青紫、皮肤湿冷、呼吸急促甚至惊厥、昏迷等。