子宫腺肌症患者肚子疼可以吃药或者用左炔诺孕酮宫内释放系统，药物有中药和西药，中成药有丹莪妇康煎膏、散结镇痛胶囊等，效果不错。西药有止痛药和激素药可以选择，止痛药可以吃非甾体类解热镇痛药，比如芬必得、君沙克、好医生、乐松等，还可以吃高效孕酮或者避孕药，肛门上双氯芬酸钠栓的止痛效果也可以。
疼痛太重可以肌肉注射解痉药消旋山莨菪碱片，无生育要求的患者可以用左炔诺孕酮宫内释放系统，不但可以治疗痛经，还可以抑制腺肌症的发展。