真菌侵犯体内各个脏器导致深部真菌感染，由于导致深部真菌感染的种类较多，鉴定具体真菌的菌种比较困难，一般采用广谱抗真菌药物两性霉素B为首选药物。两性霉素B为多烯类药物，对大多数致病性真菌具有较强的抗菌活性，对曲霉菌、念珠菌、隐球菌等引起的深部真菌感染都有较好的疗效。明确病因后根据药敏试验结果选用相应敏感的药物，氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、泊沙康唑等都有较好的抗深部真菌感染的效果。