饮水呛咳的病因有以下几种：第1、双侧皮质脑干束损害，出现饮水呛咳等假性球麻痹的症状，多伴有脑部损害表现，如双侧多发性脑梗塞、多发性硬化等；第2、脑干病变疑核损害，导致饮水呛咳，如延髓背外侧综合症、多发性硬化、肿瘤等；第3、舌咽神经、迷走神经病变，如格林巴利综合症，出现真性球麻痹；第4、重症肌无力；第5、会厌麻痹。