针对遗粪症的治疗应寻找原因并尽量消除，针对有关因素给予治疗措施，加强对患儿卫生习惯的训练和教育指导。
一、药物治疗
1、三环类药物：
（1）丙米嗪：又名米帕明、依米帕明，有抗抑郁、抗胆碱、镇静和抗利尿激素的作用，主要治疗遗粪症患儿情绪障碍的状况。开始服药是常先出现镇静，抗抑郁疗效在1~4周才明显。
（2）氯丙咪嗪：又名氯米帕明，药物作用与丙米嗪相似，是镇静作用最强的三环类药物之一。多为餐后口服。通常是使用丙米嗪一段时间后仍有遗粪症状的情况下使用。
2、双醋苯啶：本品能直接刺激小肠和大肠黏膜内感觉神经末梢，使肠蠕动增加，产生缓泻作用。口服后6～12小时内排出软便，对急、慢性便秘均有效，且优于果导片。如用栓剂，1小时后即能生效。用于遗粪症患者的通便，注意服用前两小时不得服牛奶，肠胃炎、直肠出血患者禁用。
二、手术治疗
本病一般无手术治疗方法。
三、心理治疗
1、医生和家长应积极寻找患儿发病原因，对于有明显心因者，应给予解除，对于无法去掉的心因或已经过去了的心因刺激，应帮助患儿能正确认识，消除这些因素对患儿的影响。同时患儿可接受干预治疗，如让患儿每天定时大便，恢复或形成良好的排便习惯。
2、采用操作性行为疗法。当患儿能正确排便且不弄脏衣服时，给予肯定、奖励与支持。当患儿仍有遗粪现象时也不应否定与惩罚，这会加重他们心理负担，导致紧张、恐惧情绪，可能导致病情加重。