奥美拉唑临床常使用的均为肠溶胶囊和肠溶片制剂，其在胃中不溶解，需到小肠中溶解释放吸收，因而饭前服用可提高其到达小肠的速度，但食物并不影响吸收量，所以饭前、饭后服用均可，但最好饭前服用，可提高其吸收的速度。
由于奥美拉唑为肠溶制剂，服用时注意不要咀嚼，以免药物在胃内过早的释放而影响吸收和疗效。奥美拉唑为质子泵抑制剂，对各种原因引起的胃酸分泌过多，都具有较强的持久的抑制作用，临床常用于胃溃疡、十二指肠溃疡、应激性溃疡，以及反流性食管炎和卓-艾综合征等的治疗。另外，也可以和克拉霉素或阿莫西林等抗生素联合使用，用于抗幽门螺杆菌的治疗。