正常人近半数小肠内，特别是小肠上部是无菌的。在肠蠕动正常的情况下，小肠内容物持续向远侧流动，以消化间隔期的移动性肌电复合运动来清理食物残渣。胃酸、局部免疫球蛋白以及回盲瓣防止结肠内容物的逆流等作用，均足以防止食糜滞留和细菌异常繁殖。任何导致这些机制被破坏的因素，均可以引起细菌过度繁殖，导致盲襻综合征。
一、主要病因
1、进入小肠的细菌数超量：
（1）食物严重污染。
（2）胃黏膜屏障机能损伤，如胃酸缺乏、胃空肠吻合术后、部分或全胃切除术后致盲袢或盲袋(即肠袢)的形成并发生淤滞而引起入小肠的细菌数超量，细菌过度繁殖可引起本病。
（3）小肠内细菌种植，如胆管炎、肠间瘘和回盲瓣括约肌切除术后等。
2、肠腔内细菌清除延缓：
（1）局部解剖结构的异常，如十二指肠及空肠憩室、炎先天性肠腔狭窄或由Crohn病、结核、溃疡引起的狭窄。
（2）手术后的问题，如输入祥淤滞、术后盲祥、空肠旁路、肠侧侧吻合术。
（3）全身性疾病引起的肠功能紊乱，如硬皮病、淀粉样病、辐射病、小肠假性梗阻等。
二、诱发因素
1、暴饮暴食：暴饮暴食可增加肠内压，对原发疾病造成刺激，并加重原发疾病，进而导致盲袢综合征。
2、精神紧张：精神紧张导致肠道痉挛，引起肠腔狭窄，细菌淤滞，进而加重原发病。