嗜酸细胞性胃肠炎患者的预后比较良好，治疗主要有调整饮食、激素治疗及其他药物治疗。但本病可能复发，且部分未经治疗的患者容易发展为严重的营养不良和消化不良，即使是复发的患者仍然对激素治疗有效。
对于已经证实是食物过敏所致的嗜酸细胞性胃炎患者，从饮食中去除任何形式的可疑过敏食物是重要的治疗手段。饮食控制常用于有过敏史，特别是变应原检测阳性者，通过皮肤斑贴试验或放射变应原吸附试验，明确变应原后可予相应的进食措施。对于无过敏史者可采取序贯法，逐个排除可能致敏的食物。在药物治疗方面，糖皮质激素是目前主要的治疗药物。