灰黄霉素可以治疗灰指甲，灰指甲也叫甲癣或者甲真菌病，主要是由皮肤癣菌感染甲板或者甲下组织所引起的一种病变。灰黄霉素是一种比较传统的抗真菌药物，能够抑制真菌DNA的合成，阻止真菌的细胞分裂，所以对真菌有抑制作用，对于灰指甲是有效的，一般要吃4-6个月的时间，才能将灰指甲治愈。
由于灰黄霉素存在着很多的副作用，所以现在用的比较少，比如可引起胃肠道的不适、光敏感、白细胞减少以及肝肾毒性等，所以用药之前还要查肝肾功能，近年来用的比较少。现在用的比较多的是伊曲康唑或者特比萘芬，它们跟灰黄霉素相比，副作用明显的降低了，而且使用也更方便，疗效比灰黄霉素高，所以目前很少用灰黄霉素来治灰指甲。