流行性脑脊髓膜炎的典型症状有发热、头痛、呕吐、皮肤瘀点、颈项强直等，临床分型不同症状有所不同。婴儿发作多不典型，除高热、拒食、烦躁及啼哭不安外，惊厥、腹泻及咳嗽较成人为多见，而脑膜刺激征可能缺如。流行性脑脊髓膜炎常见的并发症包括继发性感染、脑水肿等。
一、典型症状
1、普通型：
（1）上呼吸道感染期：此期约为1~2日，大多数患者无症状，部分患者有咽喉疼痛，鼻咽部黏膜充血及分泌物增多，除非鼻咽拭子培养发现病原菌，一般情况下很难确诊。
（2）败血症期：患者突然畏寒、寒战、高热，伴头痛、食欲减退及神志淡漠等毒性症状。幼儿则有啼哭吵闹，烦躁不安，皮肤感觉过敏及惊厥等。70％的患者皮肤黏膜有瘀点或瘀斑，见于全身皮肤及黏膜，大小为1~2mm至1cm。病情严重者的瘀点、瘀斑可迅速扩大，其中央因血栓形成而发生皮肤大片坏死。约10％患者的唇周等处可见单纯疱疹，多发生于病后2日左右。少数患者有关节痛或关节炎，可发生单个或多个关节积液，少数患者有脾大，多数患者于1~2日内发展为脑膜炎。
（3）脑膜炎期：脑膜炎症状可以和败血症同时出现，多数于发病后24小时左右较明显。患者高热及毒血症持续，但中枢神经系统症状加重。因颅内压增高而使患者头痛欲裂、呕吐频繁，血压可增高而脉搏减慢，常有皮肤过敏、怕光、狂躁及惊厥。脑膜的炎症表现为颈后疼痛，颈项强直，角弓反张，Kernig征(克氏征)及Brudzinski征(布鲁金斯氏征)阳性，1~2日后患者进入谵妄、昏迷状态，可出现呼吸或循环衰竭。
（4）恢复期：经治疗后体温逐渐降至正常，意识和精神状态改善，皮肤淤点、淤斑消失，大的淤斑中央坏死部位形成溃疡后结痂而愈，症状逐渐好转，神经系统检查正常。约10%患者出现口唇疱疹，患者一般在1~3周内痊愈。
2、暴发型：
（1）暴发型休克型：本型多见于儿童，但成人病例亦非罕见，以高热、头痛、呕吐开始，中毒症状严重，精神极度萎靡，可有轻重不等的意识障碍，时有惊厥。重症患者可出现暴发性紫癜，常于12小时内出现遍及全身的广泛瘀点、瘀斑，且迅速扩大融合成大片瘀斑伴皮下坏死，循环衰竭是本型的主要表现。脑膜刺激征大都缺如，脑脊液大多澄清，仅细胞数轻度增加。血小板减少、白细胞总数在10×10^9/L以下者常提示预后不良。
（2）暴发型脑膜脑炎型：此型亦多见于儿童，脑实质损害的临床表现明显，患者迅速进入昏迷，惊厥频繁，锥体束征常阳性，两侧反射不等，血压持续升高，眼底可见视盘水肿。部分患者发展为脑疝，如天幕裂孔疝和枕骨大孔疝，最终会导致呼吸衰竭。
（3）混合型：兼有上述两型的临床表现，常同时或先后出现，是本病最严重的一型。
3、轻型：多见于流脑流行后期，病情轻微，临床表现为低热、轻微头痛及咽痛等上呼吸道症状，皮肤可有少数细小出血点和脑膜刺激征。脑脊液多无明显变化，咽拭子培养可有病原菌。
4、慢性型：该型不多见，成年患者较多，病程常迁延数月之久，患者常有间歇性畏冷、寒战、发热发作，每次历时12小时后即缓解，相隔1~4日后再次发作，无热期一般情况良好，在发热后常成批出现皮疹，以红色斑丘疹最为常见，皮疹多见于四肢，发热下降后皮疹亦消退。关节疼痛较常见，发热时加重，可为游走性，常累及多数关节，但关节腔渗液少见。诊断主要依据发热期的血培养，常需多次检查才获阳性。
二、其他症状
婴儿发作多不典型，除高热、拒食、烦躁，及啼哭不安外，惊厥、腹泻及咳嗽较成人为多见，而脑膜刺激征可能缺如，前囟未闭者大多突出，对诊断极有帮助，但有时因频繁呕吐、失水可出现前囟下陷，易造成诊断的困难。