儿童分离性焦虑症的主要病因可分为遗传因素、环境因素及环境改变三类。具有焦虑素质的父母所生的子女，其焦虑症的发病率明显高于正常父母所生的子女。患儿通常在家庭中备受宠爱且被过度保护，无法正常适应社会生活。当出现与父母突然分别、与父母产生矛盾、亲人去世、上学、等生活因素时，即可诱发分离性焦虑症。本病好发于3~5岁及单亲家庭儿童，父母患有焦虑症的儿童对本病也更易感。
一、主要病因
1、遗传因素：本病具有家族聚集倾向。本身具有焦虑素质的父母所生子女焦虑症的发病率明显高于正常父母所生的子女，同卵双生子焦虑症的同病率可高达50%。
2、环境因素：许多焦虑症患儿都出生在中等或中等偏上的家庭，但约四分之三的家庭经济情况较差且多为单亲家庭，在这种条件下生活，患儿通常被溺爱，被过度保护，不与外界接触，形成内向、胆小、害羞、依赖性强的性格，造成不能适应外界环境的弱点，过度依恋家人。
3、生活因素：在出现分离性焦虑之前往往有生活事件作为诱因，如受到重大挫折，亲人重病或去世，突然进入新的环境如迁居、转学等。
二、诱发因素
儿童分离性焦虑症的诱发因素常为生活事件，如与父母突然分别、与父母产生矛盾、父母离异、亲人去世、上学、转学、迁居等。由于遗传或社会文化因素的影响，这类儿童通常对分离性焦虑症更易感，更容易受到外界生活事件的影响而出现焦虑症状。