急性全自主神经失调症病因尚未清楚，已发现本病发生于感染性单核细胞增多症及痢疾之后，部分病例对Epstein-Barr病毒的抗体滴定度增高。有人认为本病为自身免疫性自主神经病，类似嗜神经病毒感染，但目前多认为是一种对自主神经节或节后神经纤维的异常免疫反应。
1、周围神经自身免疫功能障碍：国内外学者腓肠神经活检显示，本病有髓鞘纤维及无髓鞘纤维均明显减少，伴轴突变性，病变主要发生在小纤维，与炎性脱髓鞘表现相符。另有部分患者合并周围神经感觉、运动障碍，脑脊液蛋白定量增高，细胞数正常，预后良好，故有人认为本病为吉兰-巴雷综合征的特殊类型。
2、病毒感染：近年发现某些嗜神经病毒对自主神经节及节后纤维的直接侵害，可能是导致本病的重要机制。Besnard等报道1例以肠梗阻为主要表现的患者，用聚合酶链式反应方法检测出血及脑脊液中EB病毒均阳性，进一步用RNA探针原位杂交方法检测出位于小肠肌层、肠系膜淋巴结及胃部的EB病毒。