肾盂肾炎的并发症包括肾乳头坏死、肾周围脓肿、并发感染性结石等。
1、肾乳头坏死：常发生于糖尿病或尿路梗阻的肾盂肾炎患者，可并发败血症或导致急性肾功能衰竭，是一种严重的并发症。
2、肾周围脓肿：大多由严重肾盂肾炎直接扩展来，致病菌以大肠杆菌常见，多存在糖尿病、尿路结石等不利因素，病人常出现明显的单侧腰痛和压痛，向健侧弯腰时疼痛加剧，治疗宜用强有力抗菌素，加强支持治疗或切开引流。
3、并发感染性结石：结石的成分以磷酸铵镁为主，这是由于变形杆菌等所含的尿素酶，可分解尿中的尿素，使尿素呈碱性，而磷酸盐在碱性尿中的溶解度明显降低，易产生沉淀而形成磷酸铵镁和磷灰石性结石。