咽部狼疮的主要症状为咽部的炎性症状，疾病发生的咽部的不同位置，表现有所差异。通常一般症状轻微，常感咽部不适及粘着感，吞咽稍有不便，通常无咽痛，全身情况较好。
1、鼻咽部狼疮：类似鼻咽癌，鼻塞、流涕，间有涕中带血，耳鸣，听力减退，一侧头痛等，常伴有颈部淋巴结肿大。但是和鼻咽癌不同的是，多发生在鼻咽顶部，病变黏膜多为苍白色，表面粗糙不平，或有结节状增生肉芽，或为结核性溃疡，腺样体隐性结核可以没有任何症状。
2、口咽及喉咽狼疮：剧烈疼痛、向耳部放射，患者常因剧烈的疼痛拒绝饮食，同时伴有明显的全身中毒症状。根据起病缓急又可分为两型，急性粟粒型患者体温高，全身情况极差，咽痛剧烈，吞咽尤甚，常放射至耳部。慢性溃疡型发展较慢，除吞咽痛外，其他症状不甚明显。好发于咽腭弓及咽后壁，在苍白水肿的黏膜上有局限性浸润病变。继而溃破形成浅表溃疡，溃疡可局限于一处或数处，边缘不整齐，呈鼠咬状，其上覆有灰黄色假膜。若有继发感染，溃疡发生坏死而深陷，形成潜行性边缘。