新生儿肠道病毒感染是一种传染性疾病，其主要的传播途径为亲属或医护人员与新生儿接触传播，也可经胎盘垂直传播等。所以应积极控制传播途径，防止疾病的发生。
（1）手卫生是预防和控制新生儿感染最基本、最简单、最经济有效的方法，新生儿接触者都需要注意手部卫生。
（2）孕妇若有肠道病毒感染症状，建议尽可能延迟分娩至少5~7天，使胎儿有时间被动获得保护性抗体。