新型冠状病毒感染可以应用神经氨酸酶抑制剂、奥司他韦联合抗艾滋病毒的药物利托那韦以及α干扰素联合应用效果比较好，此外还可以应用抗病毒的药物，阿比多尔、磷酸氯喹进行治疗。原则上不同时应用三种以上抗病毒的药，用药应该注意药物之间的副作用，药物副反应出现时要及时停药，用药的原则要一切从简。
对于新型冠状病毒感染的患者，如果合并细菌感染也推荐用抗生素，原则上用抗生素一切从简、单一用药。此外对于有咳嗽、咳痰的症状，还可以用一些止咳化痰的药物，对于中药治疗推荐清肺汤。