根据发病机制可分为感染性腹泻和非感染性腹泻。
1、感染性腹泻：病原微生物多随污染的食物或饮水进入消化道，亦可通过污染的日用品、手、玩具或带菌者传播。病原微生物能否引起肠道感染取决于宿主防御功能的强弱、感染病原微生物的量及毒力大小，包括病毒性肠炎及细菌性肠炎。
2、非感染性腹泻：主要是由饮食不当引起，当进食过量或食物成分不恰当时，食物不能被充分消化和吸收而积滞在小肠上部，使肠腔内酸度降低，有利于肠道下部的细菌上移和繁殖。食物发酵和腐败，分解产生的短链有机酸使肠腔内渗透压增高，腐败性毒性产物刺激肠壁，使肠蠕动增加，导致腹泻，进而发生脱水和电解质紊乱。
根据病程也可将腹泻病分为急性腹泻、迁延性腹泻、慢性腹泻。
3、急性腹泻：连续病程在两周以内的腹泻成为急性腹泻。
4、迁延性腹泻：病程两周至两个月为迁延性腹泻，易伴有营养不良及其他并发症，病情较为复杂，应积极就医。
5、慢性腹泻：病程为两个月以上为慢性腹泻，国外亦有学者将两周以上的腹泻统称为慢性腹泻或难治性腹泻，与迁延性腹泻一样，易伴有营养不良及其他并发症，病情较为复杂，应积极就医。