蜡样芽孢杆菌食物中毒症状较轻，常为自限性疾病。主要根据病情对症处理，重症者可应用抗生素治疗，预后较好。
一、一般治疗
症状较轻者根据病情对症处理即可，患者呕吐时不要使用止泻药物，必要时进行催吐、洗胃以排除毒物。
二、药物治疗
1、抗生素：重症患者持续发热、频繁腹泻可采用氯霉素、环丙沙星、氧氟沙星等抗生素进行抗炎治疗，目的是减少肠道内蜡样芽胞杆菌数量。
2、补液药物：补充腹泻、呕吐丢失的液体，多数患者可使用口服补液盐，严重者需要静脉补液，常用生理盐水。
3、抗胆碱药：可选择山莨菪碱，目的是松弛平滑肌，缓解疼痛。
三、手术治疗
蜡样芽胞杆菌食物中毒目前暂无手术治疗方式。