腔隙性脑梗死的治疗主要是控制脑血管病危险因素，尤其是要积极控制高血压，可以应用抗血小板聚集剂，如阿司匹林、氯吡格雷。如果同时使用与阿司匹林、氯吡格雷抵抗的药物，也可以换用西洛他唑和替格瑞洛等新型的抗血小板聚集药物，可以使用钙离子拮抗剂，如尼莫地平等。
此外，也需要抗动脉粥样硬化治疗，如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀、辛伐他汀等。脑保护治疗的药物包括清除自由基的依达拉奉等，患者根据出现的症状和临床表现可以适度进行康复治疗。